杉林溪設有台灣第一座民營的自然教育中心，是一棟位於園區獨立且寧靜角落的獨棟建築。一、二樓為生態展示場及DIY多功能教室，有各種動植物與環境生態的展示，並設有一間生態圖書館，三樓為辦公室並設有教室、教材研發與儲存的地方，五樓則是學員住宿套房。

自然教育中心除了是舉辦校外教學活動的好地點外，還針對不同對象設計各樣課程和活動，如：寒暑期親子營隊活動、公司員工教育訓練、專業研習及一般遊客的生態旅遊等活動。