國科會將中興新村轉型開發為高等研究園區，中科管理局計畫向台灣省政府在內的廿七個機關，收取上億元土地及公共設施建物租金；南投縣議員宋懷琳說，中興新村開發案，土地取得沒讓中科管理局花一毛錢，現在卻要向本來就存在的機關收租金，「簡直是乞丐趕廟公」。

立委林明溱在一項公聽會說，中科局對本來就在中興新村的行政機關收租金，各機關還得額外編列預算，同樣是政府，錢等同是左手進右手出，最後還是全民買單，實在不是辦法。

中科管理局長楊文科表示，若少了這一點三三億元的租金，中科局未來管理營運中興園區會很困難，將建議行政院免收中興新村高等研究園區租金，但造成高等研究園區自償率經費缺口，希望行政院也能全額補助中科管理局。

國科會投資一百廿億元將原省府所在地中興新村二百五十二公頃基地，轉型開發為高等研究園區，目前執行率雖逾五成，但當初園區基地是無償撥用。