經濟部為避免工廠強制登記門檻過低對小規模工廠造成困擾，業已於101年12月13日經中字第10104608090號令修正「工廠從事物品製造加工範圍及面積電力容量熱能規模認定標準」第三條條文並發布施行，現行工廠登記門檻由廠房面積50平方公尺以上，或馬力與電熱合計2.25千瓦以上，上修為廠房面積150平方公尺以上，或馬力與電熱合計75千瓦以上，但高風險或訂有設廠標準之工廠仍維持現有登記門檻，即以「一般行業從寬、特定行業從嚴」的原則做調整。

高風險工廠包括中華民國行業標準分類之第17類石油及煤製品製造業、第18類化學材料製造業、第19類化學製品製造業，而訂有設廠標準之工廠包括食品、飲料、化粧品、藥物、動物用藥、飼料、環境用藥、農藥、製酒、製菸等工廠。

經濟部於101年11月8日以經授中字第10130005010號公告修正「申請工廠登記應檢附書件」、「申請工廠變更登記應檢附書件」、「申請特定工廠登記應檢附書件」「申請特定工廠設立許可應檢附書件」及「申請特定工廠變更設立許可或變更登記應檢附書件」，從事高風險工廠於申請變更（登記）應檢附製造流程圖（含原料（量）、設備、產品（量）及可能涉及達管制量之危險物品（量）等），由經發局邀集消防、環保、建管、勞檢以及屬政府設置之工業區服務中心等單位共同會勘，必要時得邀請專家、學者或相關產業公會代表參加，始得核准工廠登記。

此外，工廠管理輔導法第13條第2項規定之「產業類別」，經濟部亦於101年12月13日以經中字第10104608070號令公告修正，修正幅度及內容（191 農藥及環境用藥、20藥品及醫用化學製品製造業（200 藥品及醫用化學製品）、31其他運輸工具及其零件製造業（319其他運輸工具及其零件））雖不大，但請辦理上開產業之工廠登記或變更登記廠商仍需注意，以免填報錯誤。