有關立法委員針對澎湖天后宮於修復期間，屋頂增設凸出式通風百葉天窗，以及硓咕石牆體疑似使用現代水泥建材，致影響國定古蹟價值及風貌之爭議。

文化部文化資產局說明如下：
一、澎湖天后宮因長期受到潮氣影響，屋頂損壞嚴重，必須定期維護，且依《文化資產保存法》第21條規定：古蹟修復，必要時得採用現代科技與工法，以增加其抗震、防災、防潮、防蛀等機能及存續年限。本次修復重點之一為改善潮氣問題，負責本案之合格古蹟修復建築師依其送審之修復計畫，除將東側後期「增建物」拆除並恢復其舊有門窗外，還將正殿原有平面型採光天窗改為凸出式通風百葉天窗，以提高室內空氣之對流效應。
二、 關於修護現場堆放普通水泥及白水泥，以及外層是否刷油漆等疑問，經本局向負責修護發包的澎湖縣政府查證，本案硓咕石牆體確實以白灰重新施作，且未再於外層刷上油漆；至於水泥部分，局部工項確有使用。

文化部文化資產局之說明如下：
（一）因本次屋頂採全面整修，其施作工項有新增防水毯部分，為加強防水毯與屋瓦間的黏結性，爰於屋瓦下方的灰泥沙漿增添少許水泥。
（二）清風閣屋瓦施作時，為強化屋脊及屋瓦穩固性，監造單位依現場實際施作情形，同意於筒板瓦周圍間之白灰砂漿中增添少許白水泥。
（三）另照壁正面裂縫、牆體台度、清風閣二樓地坪，及東側後期增建物地坪下方等處，增添部分水泥來作為黏著及修補之用。

澎湖天后宮為國家重要的文化資產，本局相當重視本次修復工程，針對外界質疑，文化部龍應台部長已指示本局應立即就修復工法是否合乎規範，立即成立調查小組展開調查。本局近期內將邀集專家學者前往澎湖天后宮現勘，全面檢視修復情形。