針對媒體報導交通船台馬輪女乘客海上遭性侵案件，連江縣政府縣長楊綏生非常關切，對於受害者深表遺憾，也提醒婦女同胞出外一定要提高警覺，並痛斥涉案人的個人不當行為，造成被害者身心受傷，在11日得知船長通報後，於12日便要求委託經營者新華公司與交通局研商，進行船務安全檢討改善，提升婦女乘客的安全保障，避免造成社會恐慌。
連江縣政府指出，案發當日船長知悉整起案件後隨即報警處理，11日晚間9點多，台馬輪駛抵基隆港，林男被基隆海巡隊偵緝組2名組員帶回偵訊，受害女子由基隆市警察局婦幼隊協助調查。檢方指示基隆海巡隊偵緝組、婦幼隊採集2人檢體，調閱船上監視器畫面；檢方複訊後認定林男涉案，依妨害性自主罪諭令10萬元交保。
整起案件已經進入司法程序，交由檢調偵辦，對於詳細的案發過程，基於保護當事人隱私，及避免造成二度傷害，連江縣政府表示不再描述案由。由於，交通船係屬開放空間，在安全上的顧慮，台馬輪船上現階段提供旅客安全措施服務，包括婦女專區，位於經濟二艙，提供單身女性旅客使用；而婦女專區設在服務台對面，距離約3-5公尺服務台均有專人留守，開航後24小時人員值勤，以因應突發事故；全船共有28個監視器鏡頭，掌握安全動態，並設有19處電子巡邏點，其中每一個客艙內部至少有一個巡邏點，服務人員定時巡邏。
現階段台馬輪的監視系統的管線配置，若要進行變更，技術上較為困難，為此，縣長楊綏生則表示，事發後，12日已請交通監督單位及新華公司應慎重處理旅客安全問題，在人員巡邏部分，原先採一小時巡邏一次，增加巡邏密度及其他管制方法，目前巡邏改為10時至6時加強每半小時巡邏一次，增加密度來保障乘客安全問題，縣長楊綏生亦指出，新台馬輪的設置規劃上，在婦女專區的設計亦作出大幅調整，監視器設置部份將更加嚴密，考量通盤提升安全周延性。
此外，新華公司也表示，未來加強監督在開航後，若發現旅客有飲酒、酒醉或情緒不穩之情況，事務部也會特別注意旅客動向，航程全程加強該等旅客的觀察，而旅客購票時，若發現有舉止輕浮、酒醉、或是團體群眾行為放縱時，將此類旅客安置經濟五艙，而未來經濟五艙區不再安置女性旅客，以避免類似情況發生，另外，連江縣政府關心被害人情形，亦呼籲旅客出門在外，應多加留意週遭環境，提高警覺性，婦女盡量結伴同行，與鄰座女性友人互相照應，避免讓歹徒有機可趁之虞。