南方澳第三漁港於民國54年開始興建，至民國61年完成，當初原本是規劃為小型商港，不過在民國七十二年蘇澳港建好之後，因現有第1、2漁港泊區已不敷日益增加之漁船停泊需求，經地方人士及民意代表協助爭取，獲得交通部同意將本小型商港移撥，轉為供大型圍網漁船停泊的港口，經爭取台灣省政府漁業局興建補助第三魚貨拍賣場，因歷經多年來颱風豪雨、強烈地震及海水等天然災害侵襲，造成混凝土剝落，鋼筋裸露，相關功能設施老舊已不符漁港實際需求，亟需重新改建，98年度獲行政院農委會漁業署補助新台幣1億2,230萬元辦理改建。

本港第三魚貨拍賣場改建工程，將拆除舊有市場建築物，新建一棟基地面積8,142㎡之三層樓市場建築，一樓為八百坪之拍賣場，二樓設計為參觀平台，三樓為可供60輛車停放之停車場與辦公室以及空中花園。

本港第三魚貨拍賣場改建工程自98年8月5日開工，目前已完成建築物主體結構，預定於99年12月31日前竣工，為使本港魚貨能符合歐盟規定，已於魚市場一樓預留低溫處理場空間及管線，期能建立魚貨生鮮品質及現代化的魚貨拍賣市場標竿；提昇經濟漁獲處理的衛生品質拓展外銷市場增加漁民收益；改善漁港景觀建立現代化漁港風貌，兼具多功能休閒觀光漁港，將對南方澳漁港環境及衛生品質大大提昇，並帶動周邊生活圈之繁榮。